根据国土资源部2008年的调查，全国约50%的城市市区地下水污染较严重，部分城市浅层地下水已不能直接饮用;在195个评价城市中，有40%的城市地下水水质在不断恶化，这使原本就稀缺的地下水资源可利用量越来越少，有些城市还出现了“三致”(致癌、致突变、致畸)污染物。

　　国土资源部地质环境司副司长陶庆法告诉财新记者，工业废水任意排放、固体废物不合理处置、农药化肥过量使用、污水灌溉等是地下水污染的主要源头。

　　据国土资源部调查，在珠三角地区，污染主要发生在城市及周边，特别是污灌区、重化工业区、垃圾存放场地周围区、污染地表水体岸边区等，污染物主要为重金属、微量有机污染物和三氮污染物等。

　　在中东部城市和老工业基地工业污染地下水问题突出和普遍，主要污染组为“五毒”(挥发酚、氰化物、砷、汞、六价铬)和其它重金属元素，兰州、西宁、淄博、松原、白城等八个城市和大庆油田、胜利油田等地区，则受石油污染严重。

　　农药、化肥的使用、利用污水灌溉也引起华北平原、三江平原等广大农业地区地浅层地下水污染。每年产生的大量生活垃圾，也使全国200多个城市陷入垃圾重围之中。中国环境监测中心曾调查显示，各填埋场地下水超标率为88.6%，主要超标项目为高锰酸盐指数、总大肠菌群、氨氮等，部分甚至超标达数万倍。

　　在淮河流域，埋深小于20米的地下水已普遍遭受不同程度的污染;位于淮北平原南端的安徽省宿州市，当地居民常年饮用含铁、镁、氟、硬度超标的地下水;一条连接江苏徐州、安徽宿州的奎河顺流而下，受工业污染严重，沿岸居民常年饮用奎河周边地下水，近年来身患癌症的比例正在增加。

　　宿州市水利局水文水资源局的张局长告诉财新记者，当地浅层地下水严重超标，打井只有到70米以下的深层地下水饮用才安全，但当地居民的饮用水一般是从10多米的井里打上来的。“宿州市地下水水质连5级都达不到，根本不符合饮用标准，但地方政府为了招商引资，授意环保局不认可水利部门提供的数据，把地下水水质改为4级才通过。”张局长称。

　　“地下水污染的隐蔽性和复杂性，使社会和官方对地下水污染危害认识不足，大骨节病、癌症等很多地方病与饮用水污染有关。”已经退休的中国环境科学研究院研究员赵章元指出。