随着农村工业化步伐的加快，农村工业造成的污染逐年增加。化肥、农药和工业污染物大量流入河流、湖泊，对农村土壤、地表水、地下水、农产品品质已经带来了明显的危害，严重影响农田生态环境系统。全国政协委员、民革湖南省委副主委、中南大学教授朱建军呼吁进一步加强农田生态系统的保护，确保农产品质量安全。朱建军在南方某省调查得知，该省的基本农田19%有机质低，34%缺钾，47%缺磷;18.3%的农田及25.8%的农田灌溉水均受到不同程度的污染;局部地区47.32%的耕地受重金属污染。

　　“‘稻花香里说丰年，听取蛙声一片’描绘了一幅美好的田园夜景。但随着经济和农业生产水平的提高，农田生态环境遭受到了较为严重的破坏，‘听取蛙声一片’如今在许多农村已成了奢望。”在朱建军看来，农田生态系统被破坏的主要原因有四个方面：一是现代农业生产手段的过度使用;二是污染企业“上山下乡”;三是部分惠农工程设施和农村生活方式影响农田生态;四是外来物种侵入严重，相关立法管控滞后。

　　“一些地方蔬菜中有机磷类农药残留超标率曾经达到21%，镉、铅等重金属和硝酸盐、亚硝酸盐超标率都较高。”朱建军说，目前我国农村从业人员普遍素质较低，环保意识差，人为提高单产数量、随意过度使用化肥、农药等现象突出。据统计，目前我国是世界上使用农药、化肥、农膜等数量最多的国家之一，平均使用量远超发达国家的安全上限。

　　“一些惠农工程没有尊重大自然的规律，随意变更河道，红砖、水泥护砌的水渠、水坝、河岸，更是使水草、鱼虾失去了生存空间，水体的自净功能丧失。”朱建军表示，农村人畜粪便、洗护用品残留、塑料制品等难以降解的垃圾没有得到妥善处理，就被随意排放，污染江河。“外来物种的入侵，直接引起了生态系统平衡破坏，全球100种最具威胁的外来入侵物种，我国发现了50种。某市水田面积63.39万亩，单某外来物种入侵面积就达1.5万亩，给农业生产带来了巨大损失。”朱建军说。

　　“积极开展污染治理工作，推进循环农业建设。”朱建军认为，要继续加快农村生活面源污染治理，实现畜禽类养殖排泄物无害化处理，促进循环农业发展和农村产业结构调整。同时，推进农业清洁生产，减少化肥农药的使用，大力推广应用生物防治、物理防治等技术，使清洁生产成为农民的自觉行为。还要在尊重自然规律的基础上加大小水利等农田基础设施建设。

　　由于环境污染、生态平衡破坏、农田自净功能丧失，给农产品质量带来严重威胁。朱建军认为，外来物种入侵主要由全国性统一供种和国际交流频繁引发，“而相关的立法却比较滞后，至今没有一部法律进行规范，也没有相应的风险评估机制、综合治理机制及跟踪检测机制，导致中国几乎所有的生态系统尤其是农田生态系统破坏严重。”

　　为此，朱建军建议完善农田生态管理体制机制，建立“职责清晰、管理规范、监督有力”的农田生态管理系统，明确执法主体;加强立法和执法，建立农田生态审核制度、农田生态补偿机制、农田生态预警机制，严厉查处随意排放工业废水废气、制售剧毒农药等污染农业环境的行为。