7月2日，多家环保组织就项目环境影响报告批复向环保部提出行政复议申请，环保部已确认受理。除了公众参与，上述环保组织认为，炼油项目选址和建设的重要依据——工业园区规划的审批也存在问题。自然之友理事李波说，任何建设项目都应当符合当地区域规划在环境容量等方面的限制，而中石油云南炼油项目所在的安宁工业园区总体规划根据项目情况一改再改，至今仍仅在云南省工信委备案，未依法报省政府批准。

　　同时，项目用地未获审批已开工。根据《国务院办公厅关于加强和规范新开工项目管理的通知》规定，工业项目应以招拍挂方式取得用地，而中石油云南炼油项目用地手续至今还没有批下来。水资源也是该项目的一个重要制约因素。滇池流域人均水资源不足300立方米，而中石油云南炼油项目每年耗水量达660万立方米，这对昆明这座缺水城市无疑是雪上加霜。昆明市政府此前的说法是将从外地调水供给项目用水，尽量不与昆明争水。

　　8月27日上午，自然之友、自然大学等环保组织在北京举行新闻发布会，发布了致中国石油天然气集团公司(以下简称“中石油”)的公开信，呼吁中石油暂停云南1000万吨炼油项目的违法施工。公开信指出，中石油云南1000万吨炼油项目在公众参与、环境影响评价、项目选址、项目用地、环境容量和区域规划等六大环节存在漏洞和隐患，环保组织已向相关政府部门提起行政复议。目前，该项目正在加紧施工，项目现场可见各类工程机械，数个储油罐已经基本建成。

　　公开资料显示，中石油云南1000万吨炼油项目，落户昆明安宁市工业园区，距离安宁市主城区7公里，距离昆明市区40公里。2011年3月获得国家安监总局危险化学品建设项目安全许可意见书。2012年7月，环保部批复同意该项目。2013年1月，项目可研获得国家发改委核准批复。自然大学研究员李涛表示，《环境影响评价法》明确要求建设项目环境影响报告报批前应该征求公众意见，并在报告中附具对意见采纳或者不采纳的说明。然而，在环保部公布的中石油云南1000万吨炼油项目环境影响报告中没有依法纳入任何公众参与内容。

　　北京中咨律师事务所律师夏军分析称，国内现有法律体系对于建设项目环境影响评价、土地使用、项目审批都有明确的要求，中石油云南炼油项目在多个环节的操作都违反法规。夏军表示，严格遵守法律的正当程序，是炼油项目获得民众支持从而顺利运作的基本前提。依法办事、有所敬畏、真诚对话，是化解云南炼化项目危机的唯一可行路径。“如果项目在建设之初都不能遵守法律，可以预见其未来也不能依法运营，也反映出政府监管在项目上形同虚设。”